Pascale Cossart, Odile Jacob (sciences)
Pascale Cossart, professeure à l’Institut Pasteur, secrétaire perpétuelle de l’Académie des sciences, a remporté de nombreux prix pour ses recherches en microbiologie sur les stratégies des bactéries pathogènes, en particulier sur la listeria. Dans cet ouvrage grand public, elle alerte sur les grands dangers de l’antibiorésistance, une sorte d’épidémie qui augmente de façon dramatique et pourrait provoquer la mort de 39 millions de personnes d’ici 2050. « Nous sommes à un moment critique et stratégique ». Les bactéries sont elles des virus ? Pascale Cossart fait le point sur la définition et les propriétés des bactéries et des virus afin de comprendre comment les antibiotiques fonctionnent et de quelle façon les bactéries font de la résistance. Les bactéries sont les plus petits êtres vivants. Elles ne comportent qu’une seule cellule. Elles se multiplient à des vitesses variées selon les milieux. Sur Terre le nombre de bactéries est « 100 millions de fois supérieur au nombre d’étoiles qui forment les galaxies de l’univers » ! Quels sont leurs modes de vie ? Qu’appelle t-on microbiote ? Dans le microbiote intestinal, les bactéries secrètent des vitamines dont la sérotonine. Des liens ont été établis entre alimentation, microbiote et comportement. Il y a très peu de bactéries pathogènes. D’autres agents infectieux existent dont les virus qui ne sont pas des micro-organismes mais des particules infectieuses comme le VIH et le Coronavirus SARS-Cov-2. « Virus » vient du latin et veut dire « poison ». Pour se multiplier, « il détourne à son profit un grand nombre de fonctions cellulaires ».Dans un encart au milieu de l’ouvrage, bactérie, infections par virus animaux et par le virus SARS-Civ-2, bactériophages, infection d’une bactérie par un bactériophage et mécanismes de résistance aux antibiotiques sont représentés par des schémas et photos. La découverte du « bactériophage » et son potentiel thérapeutiquee a été faite en 1917 par le français Félix d’Hérelle. Que signifie « bactériophage » ? Formé à partir de « bactérie » et de « fagein » manger, cet agent peut être cultivé et devenir un agent de la guérison du malade. Félix d’Hérelle appela l’emploi de ce virus la « phagothérapie » Les premiers essais furent réalisés en 1919 à l’hôpital Necker avec succès. Puis se développa une grande polémique. Le doute s’installa. Félix d’Hérelle partit installer en Géorgie un institut qui fonctionne toujours. Il existe deux sortes de « phages », les virus des bactéries. Les phages « lytiques » injectent leur génome dans la cellule infectée et développent un programme de développement unique avec développement de protéines et les phages « tempérés » intégrant l’ADN viral dans le chromosome de la bactérie. Il y a dix fois plus de bactériophages que de bactéries et il sont d’une incroyable diversité. Quelles sont les défenses des bactéries contre les phages ? Une découverte majeure a permis les développements incroyables de la technologie CRISPR-Cas9. Des prix Nobel ont été attribués pour des recherches sur la biologie des phages. Celles-ci se développent très rapidement. Sont décrits comment les antibiotiques ont été découverts, comment ils agissent et les différents types de résistance développés par les bactéries à la fin du siècle dernier. Les mécanismes sont de trois sortes. Quelles sont les causes et conséquences de l’antibiorésistance ? La cause principale est l’utilisation inappropriée des antibiotiques. Dans une approche globale du problème, il faut avoir recours à la phagothérapie. Quelles en sont les grandes réalisations en France, Géorgie, Pologne et États-Unis avant l’arrivée de la pénicilline ? Comment préparer et caractériser les bactériophages thérapeutiques et les cocktails ? C’est dans les égouts et les eaux usées qu’ils sont les plus nombreux. Il est nécessaire d’avoir un séquençage total de son génome pour bien l’identifier et connaitre les récepteurs des phages. Depuis 2017, la phagothérapie redémarre. Un rapport fait état de 77 % succès sur 100 cas. Il faudrait qu’il y ait des essais cliniques encore plus nombreux. La résistance des bactéries aux actions des phages causent-elles des problèmes ? La stratégie la plus appropriée est d’utiliser des cocktails de phages. Où actuellement la phagothérapie est-elle possible ? La phagothérapie est utilisée en mode compassionnel, c’est à dire quand les autres traitements n’ont pas été efficaces. Il existe des règlementations pour son utilisation selon les pays. L’acronyme ESCAPE désigne les six espèces bactériennes les plus résistantes. Il faut savoir que la résistance aux antibiotique est due aussi à leur mauvais usage chez les animaux. Espérons que la France suivra la même règlementation que la Belgique où un médecin peut prescrire une phagothérapie à un patient. Les phages peuvent être administrés par différentes voies. Il est envisagé actuellement de tirer parti de l’intelligence artificielle. Cela serait une révolution. La phagothérapie est un exemple de médecine personnalisée afin de s’adapter aux spécificités du patient.Une grande initiative internationale est née pour apporter aux pays en voie de développement une expertise en « phagologie ». Dans sa conclusion, elle indique toute une série de mesures à prendre et aussi ce qu’il faudrait faire pour aller plus loin. En fin d’ouvrage un lexique des principaux termes scientifiques d’ADN à Virus. Cet ouvrage est un exemple de clarté de diffusion de connaissances scientifiques. Pascale Cossart alerte sur la pandémie de l’antibiorésistance et explique pourquoi et comment une voie possible et prometteuse est la phagothérapie en utilisant des bactériophages.
